根据财税[2003]16号文件规定，单位和个人转让在建项目时，不管是否办理立项人和土地使用人的更名手续，其实质是发生了转让不动产所有权或土地使用权的行为。对于转让在建项目行为应按以下办法征收营业税：

1、转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中“转让土地使用权”项目征收营业税。

2、转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按“销售不动产”税目征收营业税。在建项目是指立项建设但尚未完工的房地产项目或其他建设项目。

依据财税[2003]16号文件中关于扣除的规定，对受让的已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，如果直接进行再转让的，可以凭发票作为扣除的依据;对受让的尚未进入施工阶段的在建项目开发商品房后再销售的，不得扣除。但对购买的已进入建筑物施工阶段的在建项目继续开发后再销售的，是否可以扣除?国家税务总局尚无明确规定。如果允许扣除，将会形成税收的巨大漏洞，有的地方就明确规定不得扣除，纳税人应当根据当地税务机关的规定执行。